Aus dem Zusammenspiel von politischem Willen und geistiger Vision entstand 1252 die Idee, eine Burg zu errichten – daraus wuchs Klaipėda, eine Stadt mit einer langen maritimen Geschichte. Die Burg von Klaipėda wurde erstmals in einem Dokument erwähnt, in dem der Hochmeister Eberhard von Zeine und der Bischof von Kurland, Heinrich, sich darauf einigten, sie zwischen dem Fluss Nemunas und dem Fluss Danė zu bauen. Damals nahm man an, dass die Kurische Nehrung ein Nebenarm des Flusses Nemunas sei, der in Deutschland Memel genannt wurde, weshalb die Burg Memelburg genannt wurde.

Die erste – hölzerne – Burg entstand an einer sumpfigen Stelle, an der südlichen Landzunge der Danė. Bereits im Jahr 1253 wurde am rechten Ufer eine gemauerte Burg in geschlossener Hofanlage errichtet – mit hölzernen und gemauerten Hofgebäuden errichtet. Sie wurde durch Wälle und Gräben geschützt. Im 14. und 15. Jahrhundert wurde die Burg mehrfach während der Angriffe der Samogiten und Litauer niedergebrannt. Später wurde sie so verstärkt, dass sie auch Schusswaffen standhalten konnte – mit Türmen, einer Mauer sowie befestigten Wällen und Gräben.

Im 17. Jahrhundert wurde die Burg von den Schweden angegriffen, Brände wüteten. Im Jahr 1686 wurden Bastionen errichtet, und die letzten Befestigungsarbeiten wurden während des Siebenjährigen Krieges (1756–1763) abgeschlossen.
Heute erinnert die Burganlage nicht nur an die Anfänge der Stadt, sondern auch an den jahrhundertelangen Kampf zu ihrem Schutz.